Qui di seguito la lista delle AOO presenti in Ateneo:
- Dipartimento di biologia
- Dipartimento di chimica e chimica industriale
- Dipartimento di civiltà e forme del sapere
- Dipartimento di economia e management
- Dipartimento di farmacia
- Dipartimento di filologia, letteratura e linguistica
- Dipartimento di fisica
- Dipartimento di giurisprudenza
- Dipartimento di informatica
- Dipartimento di ingegneria civile e industriale
- Dipartimento di ingegneria dell'energia, dei sistemi, del territorio e delle costruzioni
- Dipartimento di ingegneria dell'informazione
- Dipartimento di matematica
- Dipartimento di scienze agrarie, alimentari e agro-ambientali
- Dipartimento di scienze della terra
- Dipartimento di scienze politiche
- Dipartimento di scienze veterinarie
- Sistema bibliotecario di ateneo - SBA
- Sistema informatico di Ateneo - SIA
- Sistema museale di ateneo - SMA
- Centro interdisciplinare scienze per la pace - CISP
- Centro linguistico
- Centro di servizi polo universitario "Sistemi logistici" - Livorno
- Centro di ricerca "E. Piaggio"
- Centro di ricerche agro-ambientali "E. Avanzi"
- Centro per l'integrazione della Strumentazione Scientifica - CISUP
- Centro per l'Innovazione e la Diffusione della Cultura - CIDIC
- Museo di storia naturale